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Für Darwins Gegner galt die Perfektion des Auges als ein Beispiel nicht reduzierbarer Komplexität, das nicht durch natürliche Selektion entstanden sein konnte. Neue Erkenntnisse der Evo-Devo-Forschung haben die Augenentwicklung im Gegenteil zu einem der schönsten und überzeugendsten Beispiel für die Evolution im Tierreich gemacht.
„Die Annahme, dass das Auge mit all seinen unnachahmlichen Einrichtungen: die Linse den verschiedenen Entfernungen anzupassen, wechselnde Lichtmengen zuzulassen und sphärische wie chromatische Abweichungen zu verbessern, durch die natürliche Zuchtwahl entstanden sei, erscheint, wie ich offen bekenne, im höchsten Grade als absurd."
Charles Darwin, Die Entstehung der Arten (dt. 1860)
Das Gen findet sich auch bei der Maus und beim Menschen; es kodiert für einen Transkriptionsfaktor (ein DNA-bindendes Protein, das die Transkription anderer Gene an- oder abschaltet), das heute als Pax6 bezeichnet wird und auch in Säugetieren die Augenentstehung steuert - in diesem Fall also von Kameraaugen. Die Pax6-Gene der verschiedenen Spezies sind austauschbar. Wenn man das aus Mäusen isolierte Gen in den Fliegenkörper transferiert, sorgt es dort für die Bildung von Fliegen-Augengewebe. Man konnte das Pax6-Gen in Arten der unterschiedlichsten Tierstämme nachweisen, und überall ist es für die Entwicklung der Augen von Bedeutung. Thomas Holstein vom Institut für Zoologie der Universität Heidelberg schreibt: „Der Transkriptionsfaktor Pax6 ist das wohl berühmteste Beispiel für ein innerhalb der Bilaterier konserviertes Protein und für aus der vergleichenden funktionellen Analyse gewonnene spektakuläre Schlussfolgerungen...Die Ergebnisse erlauben den Schluss, dass der Urbilater bereits ein Pax6-Gen besaß, und sie machen es sehr wahrscheinlich, dass die Funktion des urtümlichen Pax6-Transkriptionsfaktors auch dort bereits mit der Augenentwicklung zu tun hatte." Demnach hätte der gemeinsame Vorfahre fast aller vielzelligen Tiere - ausgenommen im Wesentlichen nur die Schwämme, Nesseltiere und Rippenquallen -, der als vermutlich unscheinbarer Wurm in den präkambrischen Meeren lebte, bereits Augen besessen, wenn auch wahrscheinlich sehr einfache.
Zur Lichtwahrnehmung in der Rezeptorzelle dienen Opsinproteine, die auch in den Augen sämtlicher anderer Tiere diese Funktion wahrnehmen. In der Entwicklung des erwachsenen Wurms entstehen größere becherförmige Augen aus einer Anhäufung einer größeren Zahl von Lichtrezeptor- und Pigmentzellen in der Nähe der Larvenaugen. Auch daran ist das Pax6-Gen beteiligt.
Im Gehirn des Wurms fanden Arendt und sein Team ein Band von cilientragenden Zellen, die an die Lichtrezeptoren von Wirbeltieren erinnerten, und in diesen Zellen denselben Opsin-Typ (sogenannte c-Opsine), wie er in den Sehrezeptoren des Kameraauges von Wirbeltieren vorkommt. Bei Platynereis sind aber die cilienbesetzten Zellen und das c-Opsin nicht am Sehvorgang beteiligt, sondern steuern die lichtabhängige biologische Uhr. Die Sehrezeptoren der Becheraugen des Wurms dagegen sind - ebenso wie die der Komplexaugen von Drosophila und der Kameraaugen von Tintenfischen - vom sogenannten rhabdomeren Typ, die Opsine eines anderen Typs, die r-Opsine, enthalten. Bei Wirbeltieren haben sich die Rhabdomerzellen nach Ansicht der Heidelberger Forscher zu Ganglienzellen der Netzhaut differenziert, die an der Weiterleitung von Nervenimpulsen beteiligt sind. Es sieht ganz so aus, dass der Urbilater, von dem Holstein spricht, beide Arten von Lichtrezeptoren und Opsinen besaß. Bei den Insekten und Cephalopoden wurde der Rhabdomertyp als Sehzelle verwendet. An der Evolution des Wirbeltierauges waren beide Rezeptortypen beteiligt, aber der Ciliartyp wurde zu den Sehzellen.
Die Befunde der Evo-Devo-Forschung bestätigen die Annahmen früherer Evolutionsforscher und vergleichender Anatomen, dass sich die verschiedenen hoch differenzierten Augentypen wie die Komplexaugen der Insekten vom Rhabdomertyp, die Kameraaugen der Tintenfische vom Rhabdomertyp und die Kameraaugen der Wirbeltiere vom Ciliartyp unabhängig voneinander entwickelt haben. Aber sie sind nicht de novo entstanden, sondern stammen von gemeinsamen einfachen Strukturen aus Lichtrezeptoren und Pigmentzellen ab, und sie konnten für ihre Evolution auf die gleichen Zellbausteine und die gleichen genetischen Werkzeuge wie das Pax6-Gen und die Gene der Opsinfamilie zurückgreifen.

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